При удаление элемента из библиотеки, он удаляется и из всех мест клипа, где находился до этого. Убедится в том, используется элемент в клипе или нет, можно посмотрев колонку Use Count библиотеки.
Удаление элемента библиотеки :
Выберите элемент и нажмите на кнопку Delete (Удалить), расположенной в нижней части окна библиотеки (Library).